Tim Eagle v.s. Raikage
Setelah Mengetahui bahwa Sasuke berada di situ raikage langsung bergegas mencari sasuke beserta dua pengawalnya shi dan darui, lalu pemimipin negara besi memerintahkan seluruh samurai untuk mencari sasuke. Karin yang mengetahui bahwa Zetsu telah berkhianat membuat mereka menyelinap lebih waspada, namun para samurai dari desa besi menemukan mereka dan pertarungan pun dimulai. Sasuke yang menggunakan sharingan masih terlalu kuat bagi para samurai itu. Dalam sekejap mereka kalah telak. Sasuke yg telah bertemu raikage langsung menyerangnya tetapi darui melindungi raikage, setelah itu shi menyerang sasuke dengan genjutsu tetapi sasuke berhasil mematahkanya tidak di sangka darui dan raikage sudah berada di depan sasuke dan siap menyerangnya tetapi berhasil di hentikan oleh jugo dan suigetsu, pedang suigetsu pun patah tidak kuat menahan serangan raikage yg begitu kuat dan jugo pun memasuki joutai 2 dan masuk mode pembunuh.Sang Raikage tetap saja menang dan membuat tubuh Jugo terluka parah.Sasuke pun akhirnya menggunakan Amaterasu.Tapi tetap saja Raikage menggunakan pelindung petir dan Ama terasu Sasuke tidak mempan.Sasuke yng sudah kelelahan pun terkapar dan Raikage langsung berniat menimpa Sasuke tapi dihalangi Garra.Garra kemudian berkata bahwa dia ingin membujuk Sasuke kembali kejalan yang benar.Sasuke tentu saja tidak mau.Garra ,pengawal Raikage,Kankuro,Temari menyerang Sasuke secara bersamaan.Tapi Sasuke kemudian membangkitkan kekuatan Mangekyou sharingan yang ketiga yakni Susano'o. Dengan susano'o Sasuke menghancurkan atap dan pergi menuju ruang pertemuan, setelah sampai ruang pertemuan pemimpin negara besi langsung menyerang sasuke tapi sasuke menepisnya, saat itu danzo kabur dan dikejar oleh pengawal mizukage saat sasuke ingin mengejar danzo mizukage menahanya dengan kekai, akhirnya sasuke terlibat pertarungan melawan kelima kage. Lalu sasuke kalah dan datang lah madara uchiha dan dia menolong sasuke. kemudian uchiha madara memberi tahu tujuan sebenarnya,bahwa uchiha madara mengumpulkan jinchuriki dengan bertujuan jika semua jincuriki terkumpul maka akan bangkit Juubi, jinchuriki ekor sepuluh. dan uchiha madara meminta kepada para hokage-hokage agar bisa membantu dia mengumpulkan seluruh jinchuriki. Uchiha madara kemudian menceritakan tentang Rikudou sage, Ninja yang menyegel Juubi ke dalam tubuhnya, dan dianggap dewa oleh orang-orang. Namun rikudou sage yang mengetahui umurnya tidak lama lagi, menyebarkan kekuatan Kyuubi ke seluruh penjuru demi mencegah bangkitnya monster ekor sepuluh yang pernah mengacaukan bumi tersebut. Ucicha madara kemudian menjeleaskan maksudnya untuk memakai kekuatan juubi tersebut untuk membangkaitkan Kekuatan Mangekyou Sharingan : Mugen Tsukiyomi yang akan bisa membuat mada mampu menyorot bulan dan memancarkan genjutsu sempurna ke seluruh penduduk dunia. Madara menyebut rencana besarnya itu sebagai rencana Moon Eye ( mata Bulan). Uchiha Madara berjanji kepada para hokage akan membuat dunia damai dan tidak akan ada lagi peperangan antar ninja dengan Genjutsu sempurna. tetapi raikage dan para kage lainnya tidak setuju dengan uchiha madara, dan menyebut kedamaian seperti itu sebagai kedamaian semu. dan akhirnya uchiha madara berkata pada para kage, dia akan memunculkan perang baru sampai dia mendapatkan semua jincuriki.di lain tempat killer bee yg menghadapi kisame kewalahan pedang samehada membesar karena trus menyerap cakra hachibi di saat kritis raikage datang bersama 2 pengawalnya raikage langsung memenggal kepala kisame. tetapi, yang dipenggal adalah zetsu berwarna putih. lalu zetsu berwarna putih menanyakan kepada yang hitam untuk menyudahi penyamarannya. sementara itu, kisame sudah menyatu dengan samehada yang dibawa oleh killer bee.

pencarian sasuke

Di Konoha, Kakashi terkapar tak berdaya karena menggunakan Mangekyou Sharingan secara beruntun. Dia lalu digantikan oleh Yamato, seorang ANBU yang pernah menjadi junior Kakashi di masa lalu. Dia menjadi pengganti Kakashi untuk sementara. Untuk melengkapi tim 4 orang, maka ditunjuklah satu orang lagi dari "roots" bernama Sai. Pada awalnya, Naruto dan Sakura tidak menyukainya karena kebiasaan Sai yang sering berbicara kasar. Biarpun begitu, Sai hanya menjalankan prinsipnya sebagai "Roots". Karena ketidakkompakan tim, Yamato murka dan mengancam akan mengurung mereka dalam penjara kayu agar akrab satu sama lain. Di sini terlihat sisi lain Yamato yang sadis dan mencerminkan seorang ANBU : mengerikan, dingin dan intimidatif. Biarpun begitu Yamato tidaklah bermaksud buruk. Yamato juga diberi perintah untuk mengawasi Sai oleh Tsunade.
Merekapun lalu pergi ke Tenchikyo untuk menemui mata-mata Sasori, yang tidak lain adalah Kabuto, ninja pelarian Konohagakure. Ternyata Kabuto hanya berpura-pura menjadi mata-mata untuk menjebak Sasori. Pertarungan antara tim Yamato melawan Kabuto dan Orochimaru pun tak terelakkan. Naruto yang tak terkendali lalu melepaskan chakra Kyuubi dalam jumlah besar sehingga ia berubah ke bentuk Kyuubi ekor empat. Dia mulai menghancurkan wilayah sekitarnya dengan serangan-serangan dahsyat tanpa membedakan kawan ataupun lawan. Untungnya, Orochimaru tetap lolos dan melarikan diri sementara Yamato dengan jurus elemen kayu (yang sama dengan jurus Hokage pertama) menyegel dan mengembalikan tubuh Naruto ke bentuk semula. Naruto merasa bersalah karena melukai Sakura dalam wujud Kyuubi ekor empat.
Akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Orochimaru. Ternyata Sai memiliki misi untuk membunuh Sasuke. Tetapi dia urung karena melihat kesungguhan Naruto dalam mencari Sasuke. Ternyata Sasuke malah bersikap dingin dan mau saja dimanfaatkan Orochimaru asalkan bisa membalas dendam kepada Itachi Uchiha, kakaknya yang telah membantai klan Uchiha seorang diri. Sasuke lalu bertarung melawan tim Yamato, tapi pada akhirnya mundur bersama Orochimaru dan Kabuto. Tim Yamato pun pulang ke Konoha dengan penuh kekecewaan.